1944. március 19-én történt a német megszállás Magyarországon, ami után, pontosabban április 16-án Kárpátalján kezdődött a zsidóság elkülönítése, gettókba zárása és a vidéki zsidók deportálása. 1944. április 5-től minden hat évnél idősebb magyar zsidó embernek előírták a sárga csillag viselését.
Míg a legnagyobb kelet-európai gettók éveken át fennálltak, Magyarországon mindössze egy-két hónapot töltöttek a zsidók gettókban és táborokban. 1944. május 15-én kezdődött tömeges deportálásuk, amelyet július 7-én, amikor a budapestiekre került volna sor, Horthy Miklós kormányzó leállított. Budapesten 1944. június 15-én rendelték el a hivatalosan zsidó lakosok összeköltöztetését a sárga csillaggal jelölt házakba, ez tíz nap alatt megtörtént.
A balul sikerült október 15-i kiugrási kísérlet után hatalomra kerülő nyilasok már október 20-án kényszermunkára rendelték a csillagos házakban összezsúfolt, jogfosztott emberek közül a munkaképes férfiakat és nőket. November elején Budapestről elindították az első halálmeneteket: az árokásásra kirendelt embereket és a csillagos házakban összefogdosott zsidókat a csikorgó hidegben élelem nélkül, gyalogmenetben hajtották a nyugati határra, hogy ott a németeknek végezzenek erődítési munkát. A lemaradókat és a legyengülteket agyonlőtték. A halálmeneteket a budapesti képviselettel rendelkező semleges országok és a Vatikán tiltakozása miatt a hónap közepén leállították, és a zsidók gettóba zárását rendelték el – ez ellen a németek tiltakoztak, mert ez a zsidóság országon belül tartását jelentette.
Először, 1944. november 15-én az úgynevezett újlipótvárosi gettó jött létre a pápai, svájci, svéd, spanyol és portugál védelem alatt álló házakból, a “nemzetközileg védett gettó” határait nem jelölték ki. A Margit híd pesti hídfőjénél álló épületekbe hivatalosan 15 600 védett személy költözhetett be (a hely nekik is szűkösen lett volna elég), de a hamis papírokkal rendelkezők miatt ennél kétszer-háromszor többen zsúfolódtak össze. A védettség ellenére a nyilasok folyamatosan razziáztak, raboltak, az embereket a Duna-partra hajtották és agyonlőtték. A Váci út, Wahrmann (ma Victor Hugo) utca, Újpesti rakpart és Szent István körút alkotta négyszögből január elején a semleges diplomaták mintegy tízezer embert a nagy gettóba telepítettek át, mert úgy ítélték meg, ott jobbak a túlélési esélyeik.
A budapesti “nagy” gettó – Európa utolsó, egyben egyik legnagyobb gettója – létrehozásáról a nyilasok a rendeletek betartatására hivatott, zsidó vezetőkből választott Zsidó Tanácsot 1944. november 18-án értesítették. A Stöckler Lajos vezette szervezet ezután sikertelen tárgyalásokat kezdett a gettó határairól, ellátásáról, védelméről. A gettó határait megszabó belügyminiszteri rendelet 1944. november 29-én jelent meg, a területet december 10-én zárták le. A gettó 4513 lakásába – ahonnan mintegy 12 ezer kereszténynek kellett kiköltöznie – 40 ezer embert telepítettek a városban elszórt csillagos házakból, ez a szám gyorsan emelkedett, és 1945 elején – a Holokauszt Emlékközpont (Holokauszt Dokumentációs Központ és Emlékhely, HDKE) adatai szerint – elérte a 70-80 ezret. Védelmükre vegyes őrség szerveződött, a rendőrségnek többé-kevésbé sikerült megritkítania a nyilas razziákat.
Az összezsúfolt embereknek a Vöröskereszt erőfeszítései ellenére is csak napi 700-800 kalória élelem jutott (a kenyérfejadag 15 deka volt), és amikor december végén bezárult a szovjet ostromgyűrű, a helyzet még kritikusabbá vált. A gettóban az egészségügyi viszonyok minősíthetetlenek voltak, az emberek tömegesen haltak meg, decemberben naponta 80-120 halottat vittek ki. 1945. január 18-án a Vörös Hadsereg közeledtére a nyilas őrség eltűnt, a kerítés deszkapalánkjait az emberek eltüzelték. A gettó felszabadulásakor csak a Klauzál téren több mint 3000 temetetlen holttestet találtak. A “nagy” gettóban 70 ezer, a “nemzetköziben” 30-35 ezer ember élte túl az ostromot és a nyilasok rémuralmát (HDKE-adatok).
Ami a gettó területét illeti, az összegyűjtött zsidóságnak a Dohány utca, Nagyatádi Szabó István utca (mai Kertész utca), Király utca, Csányi utca 3–6. szám, Rumbach Sebestyén utca 17–19. szám, Madách Imre út, Madách Imre tér, Károly király út (mai Károly körút) által határolt kb. 0,3 km2-es területre kell összeköltözniük. Az területen élő nem zsidó személyeknek lakásukat (cserelakás ellenében) el kellett hagyniuk. A kijelölt körzetben összesen 162 csillagos ház volt; a határt alkotó utcákra néző házak nem tartoztak a kijelölt területhez.
A gettót magas deszkapalánkkal vették körül, majd lezárták. Területét csak különleges esetekben (például kórházi kezelés, temetés miatt), illetve csak a kijelölt személyek hagyhatták el. Négy központi kapuját fegyveresek őrizték. A beköltözők a Klauzál térre érkeztek, ahol ékszereiket, értéktárgyaikat elkobozták.
Eredetileg megközelítőleg 63 000 zsidó lakos, zömmel idősek és 16 éven aluliak elhelyezésével számoltak, így átlagosan 14 személy jutott egy szobára. December első napjaiban a gettóban megközelítőleg 33 000 zsidó tartózkodott, de a beköltöztetés folytatódott, és többnyire ide hozták be a nyilas razziákon fennakadt személyeket is. Szökött munkaszolgálatosok is gyakran itt találtak menedéket.
A hónap második felében a védett gyermekotthonokból – a Vöröskereszt tiltakozása ellenére – fokozatosan több ezer gyermeket szállítottak át a gettóba. Az egyre romló életkörülmények miatt Raoul Wallenberg kérésére a „nemzetközi gettó” menlevéllel rendelkező zsidó lakosai közül kb. tízezer fő költözött át a „nagy” gettóba, melynek lélekszáma januárban már megközelítette a 70 000 főt.
1945. január 17–18-án a szovjet csapatok elérték Pest központi részeit. A harcok Budán tovább folytatódtak, de a pesti gettó felszabadult, fegyveres őrsége eltűnt. A terület köré vont palánkot szinte azonnal tűzifának használták fel. Az ostromot 68000-en élték túl. A gettó felszabadulása után megközelítőleg 3000 temetetlen holttestet találtak, amelyek többségét a Dohány utcai zsinagóga mellett, tömegsírokban temettek el.